1762年10月1日莫扎特在林茨作了第一场公开的独奏会。三天后，他们一家搭乘邮轮，由多瑙河顺流而下，沿水路进入维也纳。就在21日为皇后表演之前，莫扎特突然抱怨背部和臀部疼痛。父亲为他检查疼痛的地方时发现了几个铜币大小的斑点，非常红，还微微肿起，但是只在胫骨和两个手肘出现，新森多夫伯爵夫人的医生诊断其为一种猩红热症，但多年后经证实这是误诊，这些红斑是链球菌感染引起的。总之，莫扎特在床上整整躺了两个星期到11月4日才健康起身。

转年1月回到萨尔茨堡之后，莫扎特又发烧了。所有的关节都疼痛异常，他患上了风湿症，症状持续了一个月左右才消失。列奥波德在信中写道：他的儿子1764年2月16日到达巴黎之后有生病了，并且拌着高烧和喉痛。这次是扁桃腺周围脓肿发炎引起的发烧，并且三个月后在伦敦又犯过第二次。

1765年8月，他们一家人抵达法国里尔，父子就得了重感冒相继病倒。列奥波德呕吐、眩晕、被折腾的够呛。等他们身体好些，到达荷兰的海牙后两天，女儿南妮尔也病了。而且非常严重。她发高烧，瘦得皮包骨，神志不清，不时地狂言呓语。所幸的是，后来她奇迹般的好转了。莫扎特当然也染上了相同的疾病，由于抵抗力弱，他病得更重，差一点死掉。但在施温克医生和父母的精选照料下，也慢慢地好转了。从严重的血毒症、脉搏缓慢、狂言呓语、皮肤发疹、肺炎、口腔粘膜出血等这些可怕的症状来看，他应该是得了地域性的伤寒症。

两年后，列奥波德带着两个孩子又来到维也纳演出。当时宫廷一片混乱，玛利亚.约瑟法公主染上天花，10月在中旬病逝。天花也在城市肆虐地传播开来，人们纷纷出走。莫扎特一家赶紧离开了维也纳，但是太迟了，莫扎特已经被传染上了。幸好有位好医生来医治，使他活了下来，视力也没有减退――因为细菌感染眼角膜溃烂很可能导致失明。作为回报，莫扎特还写了歌曲（K53）送给这位医生。

接着他们开始了第一次意大利之旅，造访完维罗纳，紧接着，他们在凛冽的寒风中驱车到曼图亚。“沃尔夫冈看起来好像刚经历了一场大战，整个人红通通的，尤其是鼻子。”他父亲如此写到，连他自己的手也冻得发疼。两个月后在去往佛罗伦萨的山路上，他们遇上了强风暴雨，但总算在3月30日晚上安全抵达。莫扎特有些轻微感冒，父亲要他喝了点茶和紫罗兰汁，使他留了点汗，但却错过了表演。

第二次意大利之旅最后到达米兰时，莫扎特得了重感冒。咳嗽得很厉害，这次是上呼吸道感染引起支气管炎。1771年圣诞节前夕，他返回萨尔茨堡。据娜妮尔描述，他的弟弟刚满十六岁，但已经被疾病折磨得面黄肌瘦，家人几乎快认不出他。莫扎特的皮肤泛黄，可以设想和黄疸病有关系，但也不能排除肝炎的可能性。只是它们的潜伏期时间不同，甲肝的潜伏期较长，一般是十五到五十天左右。

1774年的12月，快满十九岁的莫扎特和父亲出发前往慕尼黑，因为他受命为慕尼黑嘉年华会制作一出新歌剧《假扮园丁的姑娘》。当时莫扎特深为牙齿脓肿所苦，包括他的右脸和左眼全肿了，足有六天没出家门。当1780年再次得到前往慕尼黑为嘉年华会写歌剧的机会，他心里别提有多高兴了，因为当时在萨尔茨堡的日子犹如被囚禁。就在歌剧筹备期间，莫扎特多次因为感冒咳嗽不得不停止工作在家休息，这次仍然是上呼吸道感染引起的支气管炎。四个月后，假期的时限到了，大主教科罗瑞多命令莫扎特即刻返回维也纳。第二天他就感觉不适，身体发热、四肢发抖，歌剧的第一幕尚未结束他就提前退场了，“像个醉汉”一样蹒跚在大街上。

1784年，莫扎特病倒了，这次情况相当严重，先是剧烈的腹痛，最后导致剧烈的呕吐和急性关节风湿症（当时并没有特定的具体症状，凡有发热和关节肿痛现象，都称为风湿症）。列奥波德并未意识到儿子的病情的严重性，因为莫扎特的医生――儿时的伙伴巴瑞萨尼告诉他，在维也纳他治疗国很多有这种症状的患者。这场病是莫扎特是莫扎特有生以来最严重的一次，花了一整个夏天修养，到9月中才逐渐恢复，但根据最近研究莫扎特死因的权威报告（1984年由彼得.戴维斯博士发表）指出，果然是前面已经提到过的一种链球菌感染，然后并发成如今所称的汉诺克－史恩朗并发症。这场大病使莫扎特的肾受到严重而永久的伤害，并且为他神秘的死因提供了重要的线索。

汉诺克－史恩朗并发症是一种过敏症，它会使毛细血管破裂，引起紫斑，皮肤肿胀以及导致肠胃、肾脏发炎（莫扎特后来就并发了肾炎，是汉诺克－史恩朗并发症的恶化现象）。百分之十的人起先是无征兆的慢性炎症，如果不处理，就会发展成肾衰竭并导致死亡，还有三分之二的人发病的早期症状是上呼吸道感染。引起或染上这种病的因素很多：有霉菌感染、乙肝和流感病毒等等，再有跟蚊虫叮咬、天花疫苗和肺结核疫苗等也有一定的关系。

1787年4月，巴瑞萨尼一直陪在莫扎特身边照料他，他的病情再一次复发，好像是受到感染，再度引发汉诺克－史恩朗并发症，因而加重了肾脏损耗。重病让莫扎特感到此时对生命的掌握是多么的薄弱。因为就在这一年，脆弱的莫扎特相继失去了自己亲爱的父亲和好友巴瑞萨尼，而最让他感到无奈的是，他自己病得根本没有办法到萨尔茨堡去参加父亲的葬礼。

接下来的日子，莫扎特的身体状况日益虚弱，1790年可以说是这位天才最悲惨沮丧的一年。他第二次复发汉诺克－史恩朗并发症，所以经常头痛、关节痛、伤风又睡不着觉，而且生活拮据，只有靠向他的患难之交普赫伯格借钱度日。在给普赫伯格的信中，我们可以看到莫扎特当时的惨状；“……我想亲自来看您，但因风湿痛头上缠着绷带……”“昨天我才感觉好些，今天有变得糟糕了，整夜疼痛难眠。……目前我还是相当缺钱！您能不能资助我一点，助我脱离困境？再过一两星期，我手头就不会那么紧了……”在这样情况下，他还在坚持作曲，有时从早晨六点工作到第二天凌晨两点，就这样一直坚持到1791年。

在生命的最后一年里，生活的坎坷给这位天才带来的阴影以及失去双亲而又长期与姐姐分离的孤独使莫扎特对生命愈来愈感到绝望和无助，他形容自己“总是在希望和焦虑之间徘徊”。过度的忧郁使他开始变得情绪波动，偏执多疑，他讨厌妻子没有他的陪伴，独自出现在剧院或是教堂这些公众场合。加上7月的一天，一个憔悴的高个儿陌生男子去到他的公寓，留下匿名信要他写一部《安魂曲》――莫扎特并不知道是一位贵族想要将他的作品据为己有，献给自己死去的妻子，他相信有人想要他死。从那以后，他情绪紧张，脑子里不断出现自己被下毒的幻觉。抑郁、妄想是尿毒症引起的脑病和高血压很常见的症状，而且莫扎特就曾因为头痛昏厥过，血压也会突然升高。从这一点看，莫扎特除了肾功能受损，还有很严重的脑血管疾病。当时的医生只是没有想到、鹅没有条件和仪器为他测量血压和进行肾活检检测来确诊导致莫扎特死亡的真正病症。

莫扎特8月前往布拉格为利奥波德二世加冕大典的歌剧《狄多的仁慈》作曲。当地报纸就他的疾病进行过报道，说他面色苍白憔悴（面色苍白正是由于慢性肾衰竭引发的贫血造成的），情绪消沉，独处的时候会叹息流泪，仿佛已经感到死期的临近。从布拉格返回到家中时，莫扎特已是精力交瘁，衰弱无力，身体消瘦。对于进一步推断他并发了尿毒症，这些症状是很好的根据。

康斯坦策11月初从巴登回到维也纳，发现莫扎特已是病入膏肓。他拿走《安魂曲》的谱子，试着让他别工作得太辛苦。有这么几天，他恢复了正常。可是11月20日他有发病，躺回到床上。发着高烧，不停地呕吐，身体再度出现紫斑，手脚肿胀的不成人样，疼痛难忍，身体不敢挪动，出血也加速了肾脏恶化和死亡的速度。

虽然莫扎特病得很重，还是很喜欢自己的朋友和家人经常来看望他。甚至在12月4日，他还拾起《安魂曲》，招来几个亲戚朋友，并和他们一起试唱了几段，自己演唱女低声部。

在演出到“哀悼”时，他很清楚自己不可能将作品完成了，随即哭到在乐谱旁。就如他自己说的那样“我的舌头已经尝到死亡的味道！”在最后的时间，他抓紧交代给门生苏斯迈尔如何完成整部《安魂曲》，嘴脸喃喃的念叨说：“我有说过这部《安魂曲》是为我自己写的吧？”

当天，他的身体状况越来越糟糕，医生不停地用毛巾熬着醋和冰水擦拭他的额头，让他降温退烧，看来是无济于事，康斯坦策整个人都已经歇斯底里。直到午夜，莫扎特突然睁大眼睛，试图中床上坐起来，嘴里吹出生命里的最后一口气――试着发出《安魂曲》的鼓声，是他自己的音乐。终于在零点55分，还差一个月即将迎来三十六岁生日的一代音乐奇才　沃尔夫冈.阿玛迪乌斯.莫扎特与世长辞了！